Non, la version actuelle (5.2.10 beta) ne prend pas cela en charge.
Cependant, le format de fichier n'est pas propriétaire - c'est une simple archive zip. Il contient un seul document XML qui est le modèle de base de données complet. J'ai écrit cette question SO
il y a quelques mois avec le même objectif que vous semblez avoir. Je voulais pouvoir faire svn diff model.mwb
La réponse que j'ai obtenue m'a aidé à écrire un petit script qui a décompressé le fichier avant de le transmettre à l'outil diff. Cela a fonctionné correctement et si vous êtes intéressé, je peux le publier quelque part.
J'ai également lancé très récemment un thread sur le forum Workbench à propos de cette question. J'espère que quelqu'un de l'équipe de développement pourra apporter plus d'informations à ce sujet.
EDIT :il est maintenant suivi par Bogue MySQL #51203 avec un objectif de 6.0.