site.cfg dans le même répertoire que setup.py cherchait la mauvaise clé de registre, à la fin du fichier est
# The Windows registry key for MySQL.
# This has to be set for Windows builds to work.
# Only change this if you have a different version.
registry_key = SOFTWARE\MySQL AB\MySQL Server 5.0
J'ai plongé dans le registre et j'ai trouvé HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\MySQL AB\ et j'ai vu que j'avais 5.1 à la place,
signaler une autre erreur maintenant, mais cette question est résolue au moins ;)