Autant que je sache, vous ne pouvez pas transmettre directement des variables à un script MySQL. Le mieux que vous puissiez faire est de définir des variables utilisateur dans un script shell wrapper. Quelque chose comme :
passed_var1=$1
passed_var2=$2
mainsql=script.sql
mysql $(usual_parameters) -e "set @user_var1=$passed_var1; set @user_var2=$passed_var2; source $mainsql"
Ajuster pour une utilisation réelle, bien sûr.