Erreur de colonne inconnue MySQL lors de l'utilisation d'ALTER, ne comprend pas le comportement

J'ai eu le même problème. Je l'ai résolu en faisant le CHANGE COLUMN (ou MODIFY COLUMN) avant ADD COLUMN.

Dans votre exemple, cela donnerait l'instruction SQL suivante :

ALTER TABLE `logs`
CHANGE COLUMN `created` `created` DATETIME NULL DEFAULT NULL AFTER `category`,
ADD COLUMN `updated` DATETIME NULL DEFAULT NULL AFTER `created`;