Je ne sais pas pourquoi il s'exécute soudainement plus lentement, mais je recommande de convertir en jointure, qui devrait mieux fonctionner :
SELECT t.*
FROM temp_company t
LEFT JOIN company c ON c.number = t.number
WHERE c.number is null
C'est une façon assez classique d'aborder un not in (...) via une jointure, et fonctionne parce que les jointures externes qui ne le font pas match ont des valeurs nulles dans les colonnes de la table jointe.
