Ok j'ai résolu. Je mets manuellement mysql-connector-java-5.1.18-bin.jar dans mon dossier sdk :
file:///opt/appengine-java-sdk-1.6.0/lib/impl/
L'erreur change de manière plus confortable :
java.sql.SQLException: Access denied for user 'root'@'localhost' (using password: YES)
Merci pour les suggestions cependant
