Le problème est le format de vos données json, qui provient du tableau (associatif) $output. vous ne voulez pas que ces '"PER" soient dedans ! essayez de remplacer ces lignes de code :
while($e=mysql_fetch_assoc($q))
$output[]=$e;
print(json_encode($output));
avec ceux-ci :
while($e=mysql_fetch_assoc($q))
$output[]=$e["PER"];
print ('['.json_encode($output).']');
cela changera $output d'un tableau associatif à un tableau standard d'entiers.
et la ligne d'impression ajoute des crochets supplémentaires autour des données json - dont jqplot a besoin.