Vous pouvez envisager de modifier ces propriétés du serveur mysql :
nano /etc/mysql/mon.cnf
query_cache_size=16M
key_buffer_size=256M
Ou peut-être même essayer d'augmenter le temps d'exécution autorisé pour la requête du client mysql :
SET GLOBAL MAX_STATEMENT_TIME=1000;
avant d'exécuter votre requête.