Deux problèmes que je peux voir :
Maintenance - il sera difficile d'apporter des modifications à la base de données (changer la structure de la table, modifier les SP, etc.) si vous avez des milliers de bases de données. Bien sûr, vous pouvez scripter les modifications, mais le fait que de nombreuses bases de données aient plus de chances que quelque chose se passe mal. Qu'allez-vous faire si votre script échoue à mi-parcours et que vous vous retrouvez avec des bases de données qui ont les modifications et d'autres qui n'en ont pas ? De plus, comme l'a mentionné un autre posteur, qu'en est-il de la maintenance d'éléments tels que les chaînes de connexion, les identifiants/mots de passe, etc. ?
Ressources - Je ne sais pas quelles ressources chaque instance d'une base de données utilise, mais il doit y avoir des frais généraux pour exécuter autant de bases de données. Si vous le répartissez sur plusieurs machines, vous rencontrez à nouveau le problème de maintenance ci-dessus.