Vous l'avez demandé il y a longtemps, et peut-être que cela ne vous concerne plus, mais je vais inclure ici une façon de le faire pour le bénéfice des autres.
Dans Workbench, ouvrez vos propriétés de connexion.Sur l'onglet Connexion, sélectionnez l'onglet Avancé.Ajoutez-y les deux options suivantes à la section Autres (modifiez évidemment l'emplacement de readDefaultFile à l'emplacement de votre my.ini).
readDefaultFile=C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.7\my.inireadDefaultGroup=client
Maintenant, l'ouverture des connexions doit lire la section client de ce my.ini selon les besoins.