Requête MySQL avec JOIN n'utilisant pas INDEX

Pas absolument sûr, mais envisagez de déplacer la condition de WHERE condition pour JOIN ON condition puisque vous effectuez une jointure externe (LEFT JOIN ) cela fait une différence de performances contrairement à inner join où la condition soit sur where ou join on clause est équivalente.

SELECT COUNT(1) AS clicks 
FROM clicks AS c 
LEFT JOIN links AS l ON l.id = c.link_id 
AND (c.date_added >= '2016-11-01 00:00:00' 
AND c.date_added <= '2016-11-16 23:59:59');