Cette erreur n'a rien à voir avec le php.ini, c'est clairement un message d'erreur du SGBD.
Vous pouvez augmenter la valeur du max_allowed_packet dans le fichier my.cnf :
[mysqld]
max_allowed_packet = 128M
Après avoir redémarré votre mysqld, cela devrait fonctionner (pour des données plus volumineuses, augmentez davantage la valeur)
Si vous essayez "d'importer avec du mastic", je suppose que vous utilisez mysql à partir de la ligne de commande, dans ce cas, vous pouvez démarrer mysql avec le paramètre --max_allowed_packet, par exemple :
mysql --max_allowed_packet=128M -u root -p sampledb < dump.sql
Alternativement, si vous sourcez le fichier à partir d'une session mysql en cours d'exécution, vous pouvez définir le paramètre en :
set global max_allowed_packet=128M;
seul le dernier exemple est efficace jusqu'au prochain redémarrage de mysqld, pour une solution permanente, restez fidèle à mon premier exemple.