J'ai eu ce même problème et je pense que j'ai compris. J'ai utilisé la suite CSV Import/Export pour exporter toutes mes variations. Vous remarquerez que le stock est défini sur 0 quand il devrait avoir une valeur de null .
Vous avez deux options ici :
- Allez dans chaque produit individuel, cliquez sur l'onglet des variantes et développez chaque variante en décochant la case "gérer le stock" :

- Vous pouvez effectuer une recherche et remplacement sur la base de données en remplaçant la valeur 0 par null.