Votre technique actuelle semble assez pratique. Juste un petit changement.
Plutôt que d'attendre une erreur puis de créer des colonnes une par une, vous pouvez simplement exporter le schéma, faire un diff et trouver toutes les colonnes manquantes dans toutes les tables.
De cette façon, ce serait moins de travail.
Votre interface graphique sera capable d'exporter uniquement le schéma ou le commutateur suivant sur mysqldump sera utile pour trouver toutes les colonnes manquantes.
mysqldump --no-data -uuser -ppassword --database dbname1 > dbdump1.sql
mysqldump --no-data -uuser -ppassword --database dbname2 > dbdump2.sql
La différence entre dbdump1.sql et dbdump2.sql vous donnera toutes les différences dans les deux bases de données.
