Ce n'est pas possible avec RDS.
Vous pouvez "faire semblant" en convertissant les tables que vous ne voulez pas répliquer en Engine=Blackhole, mais vous devez modifier votre groupe de paramètres et définir "lecture seule" sur 0, au lieu de la valeur par défaut "{TrueIfReplica}".
Alternativement, vous devrez exécuter votre propre serveur esclave sur EC2 avec le serveur RDS en tant que maître (cela est possible si vous exécutez MySQL 5.6 sur RDS, mais pas 5.5 ou inférieur), mais c'est extrêmement compliqué à configurer.