Voici la solution,
voici le contenu du fichier manifest.txt
Main-Class: filename
Class-Path: . mysql-connector-java-5.1.33-bin.jar
Le connecteur mysql-connector-java-5.1.33-bin.jar doit être dans le même répertoire pour que le fichier jar l'inclue.
Ce connecteur peut être facilement téléchargé ou peut être trouvé dans le dossier mysql sous les fichiers du programme
Après cela depuis le cmd, la commande doit être exécutée
jar -cvfm jarfilename.jar manifest.txt *.class
Un nouveau fichier jar sera créé en fonction de votre fichier de classe et de votre manifeste, puis il pourra être facilement exécuté en double-cliquant et le serveur répondra de la même manière qu'en mode cmd.