Comme vous l'avez souligné dans la question, l'un des effets secondaires possibles de la reconnexion automatique (si elle est effectuée au niveau de chaque instruction) est qu'elle n'est pas sécurisée pour les transactions.
La documentation de MySQL indique en fait explicitement que la fonctionnalité de reconnexion automatique affecte les transactions :
Les applications qui ne sont pas écrites pour gérer cela pourraient facilement tomber en panne. La documentation répertorie également un certain nombre d'autres effets secondaires causés par la fonction de reconnexion automatique, qui pourraient tous entraîner le mauvais fonctionnement ou l'échec d'applications non écrites pour anticiper le comportement.
De plus, si la connexion à la base de données est soudainement perdue, le serveur peut ne pas libérer correctement les verrous détenus par la connexion, il semble donc qu'une application puisse se bloquer dans certains cas :
Edit :le lien de documentation MySQL dans la réponse ne semble pas exister maintenant. Trouvez la la documentation mise à jour ici
