Je suppose que vous utilisez InnoDB (vous devriez quand même....)
Lisez donc le chapitre suivant de High performance MySQL 2ed, p.117 :http://books.google.com.hk/books?id=BL0NNoFPuAQC&lpg=PA117&ots=COPMBsvA7V&dq=uuid%20innodb%20clustered% 20index%20high%20performance%20mysql&pg=PA117#v=onepage&q&f=false
En général, UUID est un mauvais choix du point de vue des performances (en raison de l'index clusterisé) et ils ont une référence pour le prouver.