Je pense que vous pouvez faire ce qui suit :
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Désactiver la vérification des contraintes de clé étrangère
mysql> SET FOREIGN_KEY_CHECKS = 0;
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Tronquez vos tableaux
mysql> TRUNCATE MY_TABLE;
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Activer la vérification des contraintes de clé étrangère
mysql> SET FOREIGN_KEY_CHECKS = 1;
Je préfère désactiver temporairement les contraintes de clé étrangère plutôt que de les supprimer/recréer.