Essayez d'ajouter un index à (DUEDATE_, REVERSEPRIORITY_)
dans cet ordre. Il utilisera toujours le tri de fichiers (je pense) mais sur beaucoup moins de lignes.
Essayez également de OPTIMIZE TABLE table_name
votre table et CHECK TABLE table_name
votre table (pour que mysql recalcule les valeurs d'index).
Ce n'est qu'une supposition éclairée.