Tronquer un tableau avec Doctrine est aussi "simple" que :
$connection = $entityManager->getConnection();
$platform = $connection->getDatabasePlatform();
$connection->executeUpdate($platform->getTruncateTableSQL('my_table', true /* whether to cascade */));
Mais vous devez savoir que MySQL ne sera pas en mesure de tronquer une table une fois qu'elle aura une contrainte de clé étrangère.