Ajout de cette réponse pour le bénéfice des futurs chercheurs, car elle explique pourquoi l'augmentation de la taille des paquets a résolu le problème :
Extrait de et merci pour article de blog de peter_laursen
Sur OSX 10.7 (Lion), j'ai créé un fichier, /etc/my.cnf avec le contenu suivant :
[mysqld]
max_allowed_packet = 12000000
Et ensuite arrêté le serveur mysql :
/usr/local/bin/mysql.server stop
Lorsqu'il a redémarré automatiquement, j'ai pu exécuter mes insertions.