Faites d'abord une sauvegarde de votre répertoire /var/lib/mysql/ juste pour être sûr.
sudo mkdir /home/<your username>/mysql/
cd /var/lib/mysql/
sudo cp * /home/<your username>/mysql/ -R
Purgez ensuite MySQL (cela supprimera php5-mysql et phpmyadmin ainsi qu'un certain nombre d'autres bibliothèques, alors soyez prêt à réinstaller certains éléments après cela.
sudo apt-get purge mysql-server-5.1 mysql-common
Supprimez le dossier /etc/mysql/ et son contenu
sudo rm /etc/mysql/ -R
Vérifiez ensuite que vos anciens fichiers de base de données sont toujours dans /var/lib/mysql/ s'ils ne le sont pas, puis copiez-les dans le dossier puis chown root:root
(exécutez-les uniquement si les fichiers ne sont plus là)
sudo mkdir /var/lib/mysql/
sudo chown root:root /var/lib/mysql/ -R
cd ~/mysql/
sudo cp * /var/lib/mysql/ -R
Installez ensuite le serveur mysql
sudo apt-get install mysql-server
Enfin, réinstallez tous les packages manquants comme phpmyadmin et php5-mysql.