MySQL Workbench fonctionne sous Windows et Linux. La version commerciale vous permettra de désosser et de modifier la structure d'une base de données en direct, avec la version gratuite, vous devez d'abord vider la structure dans un fichier. Son ancêtre DBDesigner est un peu plus ancien, mais n'a pas cette limitation. Windows et Linux aussi.
Si ces deux sont exagérés, vous pouvez essayer avec HeidiSQL , le descendant de MySQLFront. Il ne fonctionne que sur Windows, mais il existe une version alpha fonctionnant sur Java.