Sélectionnez Parent et enfants avec MySQL

Les parents sont des enregistrements sans parent_id .
Les enfants ont parent_id égal à l'id du commentaire parent .

  SELECT ...
    FROM comments AS parent
         LEFT JOIN comments AS child 
         ON child.parent_id = parent.id
   WHERE parent.parent_id IS NULL
ORDER BY parent.id, child.id;

Notez que l'auto-jointure doit être une jointure externe afin que vous ne manquiez pas les commentaires des parents sans enfants.