Selon la documentation MySQL, pour effectuer une mise à jour de table croisée, vous ne pouvez pas utiliser de jointure (comme dans d'autres bases de données), mais utilisez plutôt une clause where :
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0 /fr/update.html
Je pense que quelque chose comme ça devrait fonctionner :
UPDATE User_Settings, Contacts
SET User_Settings.Contact_ID = Contacts.ID
WHERE User_Settings.Account_ID = Contacts.Account_ID