Vous pouvez utiliser une expression dans un ORDER BY. Essayez ceci :
SELECT *
FROM comments
ORDER BY IF(ParentId = 0, Id, ParentId), Id
Cela triera d'abord par Id, si ParentId =0, ou par ParentId sinon. Le deuxième critère de tri est l'ID, pour s'assurer que les réponses sont renvoyées dans l'ordre.