Voici une bonne analyse de ces deux approches :Jointure gauche SQL vs plusieurs tables sur la ligne FROM ?
Cette explication est générale, je ne suis pas trop sûr de ce que fait MySQL dans ce domaine; mais dans tous les cas, le fait est qu'un JOIN est toujours plus explicite et plus clair et peut être déplacé d'un moteur à un autre sans changement majeur dans la logique de la requête.