Essayez de commencer avec l'assistant Percona et comparez leurs recommandations avec vos paramètres actuels un par un. Ne vous inquiétez pas, il n'y a pas autant de paramètres applicables que vous ne le pensez.
https://tools.percona.com/wizard
Mise à jour vers 2020 :Désolé, cet outil a atteint sa fin de vie :https://www.percona.com/blog/2019/04/22/end-of-life-query-analyzer-and-mysql-configuration-generator/
Tout le monde pointe vers key_buffer_size premier que vous avez abordé. Avec 96 Go de mémoire, je me méfierais de toute petite valeur par défaut (probablement seulement 96 Mo !).
