Allez dans Édition -> Préférences -> Éditeur SQL et là vous verrez :
DBMS connection keep-alive interval (in seconds): 600
DBMS connection read time out (in seconds): 600
DBMS connection time out (in seconds): 60
L'intervalle de connexion au SGBD indique la fréquence à laquelle Workbench envoie une demande de maintien au serveur pour maintenir la connexion.
Puisque 5 minutes ==300 secondes, définissez l'intervalle de maintien de la connexion SGBD < 300 (par exemple, 250)
Cela signifiera "envoyer une demande d'entretien toutes les 250 secondes". Cliquez sur OK.
Quittez ensuite MySQL Workbench et relancez-le pour que les modifications prennent effet.
Si vous utilisez la méthode de connexion TCP/IP standard sur SSH, il peut également être utile de configurer également ssh ServerAliveInterval.