Après être passé de MySQL 5.0 à 5.5, j'ai découvert que je devais soudainement activer LOCAL INFILE spécifiquement lors de la création de la connexion en PHP.
Utilisation de mysql :
mysql_connect(server,user,code,false,128); // 128 enables LOCAL INFILE
mysql_select_db(database);
Utilisation de mysqli :
$conn = mysqli_init();
mysqli_options($conn, MYSQLI_OPT_LOCAL_INFILE, true);
mysqli_real_connect($conn,server,user,code,database);