Table native 'performance_schema'.'???' a la mauvaise structure

Essayez de suivre la commande dans le shell (l'utilisateur root ici est l'utilisateur root mysql, pas la racine du système)

sudo mysql_upgrade -u root -p

sudo service mysql restart

Assurez-vous de redémarrer mysql après avoir exécuté ceci (tout le mérite revient à @Mikepote dans les commentaires.)