Assurez-vous d'indiquer à PDO que la valeur est un entier et non une chaîne ; si PDO le met sous forme de chaîne, MySQL devra alors transtyper les valeurs pour comparaison. Selon la façon dont il s'y prend, cela pourrait entraîner des ralentissements majeurs en empêchant MySQL d'utiliser un index.
Je ne suis pas tout à fait sûr du comportement ici, mais j'ai eu ce problème avec Postgres il y a quelques années...