mysql_query() ne fait pas partie de PDO, donc les DLL que vous vérifiez (qui sont les dll de PDO pour le support MySQL) ne sont pas celles que vous devez vérifier. Vous voulez vérifier php_mysql.dll (.so sur les serveurs Linux).
Mais PDO est définitivement le bon moyen d'accéder à MySQL. C'est bien mieux que d'utiliser mysql_query().
En savoir plus ici, sur la page PDO de PHP .
