Utilisez LEFT JOIN au lieu de INNER JOIN :
SELECT c.id, c.name, c.unit, COUNT(p.category_id) as active_count
FROM `categories` c
LEFT JOIN `products` p
ON c.id = p.category_id AND p.is_active = 1
GROUP BY c.id;
Il est également important de déplacer le prédicat p.is_active = 1 de WHERE clause à ON , de sorte que tous enregistrements de categories table sont renvoyées par la requête.