La réponse s'est avérée très simple. Spring Boot a une propriété de séparateur DataSource qui peut être définie dans le fichier application.properties :
spring.datasource.separator=^;
Puis dans le fichier schema.sql tous les ;
les instructions ne faisant pas partie de la procédure stockée doivent être mises à jour avec le nouveau séparateur.
DROP PROCEDURE IF EXISTS `database`.FOO;
CREATE PROCEDURE `database`.FOO()
BEGIN
SELECT * from `database`.employees;
END ^;