Le client définit généralement ces valeurs lors de la connexion. Les paramètres de my.ini sont simplement des valeurs par défaut qui s'appliquent lorsque le client ne spécifie pas explicitement un codage de connexion. Comme ils ne sont pas fiables, chaque client devrait spécifier un codage de connexion. Puisque vous avez une capture d'écran sophistiquée, je suppose que vous vous connectez à un utilitaire d'interface graphique qui le fait probablement explicitement fait définir des encodages de connexion.
Exemple PHP de définition d'un jeu de caractères de connexion :
new PDO('mysql:host=localhost;charset=utf8mb4')