$query = mysql_query("UPDATE article set com_count = $comments_count WHERE article_id = $art_id");
Vous gâchiez les guillemets et les concats.
Vous pouvez utiliser des variables en ligne comme dans l'exemple précédent ou les concaténer comme :
$query = mysql_query("UPDATE article set com_count = " . $comments_count . " WHERE article_id = " . $art_id);