La condition SQL WHERE n'est pas égale à ?

Vous pouvez faire comme ça

DELETE FROM table WHERE id NOT IN ( 2 )

OU

DELETE FROM table WHERE id <>  2 

Comme @Frank Schmitt l'a noté, vous voudrez peut-être également faire attention aux valeurs NULL. Si vous souhaitez supprimer tout ce qui n'est pas 2 (y compris les NULL) puis ajoutez OR id IS NULL à la clause WHERE.