Cela semble un peu hackish, mais fonctionnera pour les dates entre ~ 1970 et 2030 (sur 32 bits arch). Vous convertissez essentiellement les valeurs datetime en nombre entier, en faites la moyenne et reconvertissez la moyenne en valeur datetime.
SELECT
from_unixtime(
avg(
unix_timestamp(date_one)-unix_timestamp(date_two)
)
)
FROM
some_table
WHERE
some-restriction-applies
Il existe probablement une meilleure solution, mais celle-ci vous permettra de vous en sortir en un clin d'œil.