Une façon consiste à utiliser la propriété Database hors du DbContext :
SqlParameter param1 = new SqlParameter("@firstName", "Frank");
SqlParameter param2 = new SqlParameter("@lastName", "Borland");
context.Database.ExecuteSqlCommand("sp_MyStoredProc @firstName, @lastName",
param1, param2);
EF5 prend définitivement en charge cela.