Je suis confronté au même problème que vous, le problème ne survient que lorsque j'utilise Opera ou Chrome.
Pour mon cas, j'ai un .htaccess pour pointer tout vers le fichier d'index. Naturellement, le navigateur demandera le script deux fois, une fois pour le script lui-même, l'autre pour le favicon.
Le correctif : Essayez de modifier le .htaccess pour empêcher la redirection vers le fichier d'index lorsque le navigateur demande favicon.ico
