Je viens également de rencontrer ce problème. J'ai dû ajouter LOCAL à mon instruction SQL.
Par exemple, cela donne le problème de permission :
LOAD DATA INFILE '{$file}' INTO TABLE {$table}
Ajouter LOCAL à votre déclaration et le problème des autorisations devrait disparaître. Comme ceci :
LOAD DATA LOCAL INFILE '{$file}' INTO TABLE {$table}
