J'ai fait face à une situation similaire où InnoDB a été désactivé après une mise à niveau de mysql-server. La requête "afficher les moteurs " n'a pas affiché Innodb . Suivre ce lien a résolu le problème pour moi.
/etc/init.d/mysql stop
cd /var/lib/mysql/
ls ib_logfile*
mv ib_logfile0 ib_logfile0.bak
mv ib_logfile1 ib_logfile1.bak
/etc/init.d/mysql restart
