J'ai aussi eu le même problème dans le passé. Tout s'était passé après le déplacement des fichiers de base de données vers un nouvel emplacement et après la mise à jour du serveur mysql. Toutes les tables avec le moteur InnoDB ont disparu de ma base de données. J'essayais de les recréer, mais mysql m'a dit 1146: Table 'xxx' doesn't exist
tout le temps jusqu'à ce que j'aie recréé ma base de données et redémarré le service mysql.
Je pense qu'il est nécessaire de lire sur les binaires de table InnoDB.