Ne pouvez-vous pas spécifier le dialecte Hibernate et utiliser
hibernate.dialect=org.hibernate.dialect.MySQLInnoDBDialect
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À partir de la version MySQL > 5.1, cela devrait être
hibernate.dialect=org.hibernate.dialect.MySQL5InnoDBDialect
pour éviter de rencontrer ce problème Utiliser "TYPE =InnoDB " dans MySQL lance une exception