Le ./configure La commande fait partie du processus de compilation à partir du code source.
Vous pouvez soit compiler à partir des sources, soit installer via le gestionnaire de packages. Je suppose que dans votre cas, le gestionnaire de paquets est préférable.
Comme le gestionnaire de paquets se plaint, vous ne pouvez pas avoir les deux php-mysql et php-mysqlnd installé.
Vous pouvez donc
yum remove php-mysql
avant
yum install php-mysqlnd
Vérifiez ensuite le succès via
php -m | grep mysqlnd
ou
php -i | grep mysqlnd
