Ne pouvez-vous pas simplement les séparer par un point-virgule ?
Delete from messages where messageid = '1';
Delete from usersmessages where messageid = '1'
OU
Utilisez simplement INNER JOIN
comme ci-dessous
DELETE messages , usersmessages FROM messages INNER JOIN usersmessages
WHERE messages.messageid= usersmessages.messageid and messages.messageid = '1'