Pour vous donner la réponse à l'utilisation du traitement par lots avec fluent :
1) sur la collection
HasMany<MyEntity>(x => x.Entities)
.BatchSize(100);
2) au niveau de la classe
public MyEntityMap()
{
Id(x => x....
...
BatchSize(100);
Cela correspond au 19.1.5. Utilisation de la récupération par lots