Oracle stocke uniquement les fractions jusqu'à la seconde dans un DATE champ.
Utiliser TIMESTAMP à la place :
SELECT TO_TIMESTAMP('2004-09-30 23:53:48,140000000', 'YYYY-MM-DD HH24:MI:SS,FF9')
FROM dual
, éventuellement en le diffusant à une DATE puis :
SELECT CAST(TO_TIMESTAMP('2004-09-30 23:53:48,140000000', 'YYYY-MM-DD HH24:MI:SS,FF9') AS DATE)
FROM dual